La migraine est souvent décrite comme une caractéristique innée du traitement des stimuli par le cerveau. Des études montrent que la disposition génétique peut être importante, mais des études menées auprès d'enfants adoptés montrent que la migraine peut évidemment être apprise. En fait, le cerveau se défend contre toutes sortes d'irritations, qu'elles soient purement chimiques ou profondément émotionnelles. Des déclencheurs très différents et individuellement différents mettent en mouvement la cascade de différents mécanismes.
D'abord le système d'alarme d'évasion-attaque (sympathique), mais ensuite le système de repos-alimentation (parasympathique) est trop sollicité. Dans le processus, l'organisme est inondé de substances messagères communes, ce qui entraîne des troubles dans de nombreux systèmes, tels que l'activité cérébrale, le contrôle nutritionnel et digestif, y compris le centre des vomissements, la régulation vasculaire, le contrôle de la composition des tissus et, surtout, la modération de la réceptivité des organes sensoriels. L'ensemble du processus est donc très complexe.